Проблема с получением потока была решена после многих вариантов. Некоторые из них:
1)На гитхабе есть слитый образ с чье го то jetson, как было выяснено на нем определялись устройства, но была проблема с драйвером.
2)Там же на гитхабе https://github.com/InES-HPMM/linux-l4t/ … csi-module есть более новая инструкция для версии прошивки 28.1. Была произведена сборка Image и модулей, залита на jetson в результате чего устройства hdmi не определялись, но драйвер tc358840 имелся в ядре.
3) Так же как выяснилось на последней прошивке от nvidia 28.2 драйвер tc358840 уже по умолчанию встроен в ядро, судя по всему nvidia подсматривает с гитхаба Но результат тот же, что в и в 28.1 версии с пересобранным  ядром, то есть не удалось добиться определения устройств hdmi

Решение:
Было предпринято еще раз поставить оф. прошивку 24.2 применив патч с сайта поставщика платы https://auvidea.com/firmware/ . До этого данное действие уже производилось, но не увенчалось успехом.
Возможно из за не выполнения определенной последовательности шагов.
А именно:
1) Нужно сказать jetpack 3.0 https://developer.nvidia.com/embedded/jetpack-archive
2) Запустить и дождаться пока утилита установит нужные элементы
3) скачать driverpackage https://developer.nvidia.com/embedded/d … age-24-2-1 и распаковать по пути установки jetpack в папку 64_TX1
4) скачать патч с оф сайта auvideo, распаковать и заменить файлы в папке прошивки.
Так же не забыть про модули, их нужно положить в архив supplements, который находится в папке Linux_for_Tegra.
Что дает патч:
   4.1)обновленный DeviceTree, в него включен tc358840
   4.2)обновленное ядро и модули, в частности модель tc358840
5) после всех проделанных операций нужно прошить устройство, тут 2 варианта, либо скриптом flash.sh либо jetpack, но все же лучше посмотреть в сторону jetpack, так как он доустановит некоторые нужные элементы.
6) ожидаем загрузки
7) включаем tc358840 командой sudo modprobe tc358840
8) проверям запустилась ли с помощью lsmod
Таким образом мы включили модуль и можем брать поток, так же если проверить папку dev можно увидить, что у нас есть устройства video0, video1, video2.
Как раз то чего и нужно было добиться. Стоит отметить, что video0 это hdmi B , а video1 это hdmi A.
9)Делаем проверку потока, например командой gst-launch-1.0 v4l2src io-mode=4 device=/dev/video0 do-timestamp=true ! 'video/x-raw, width=3840, height=2160, framerate=30/1, format=UYVY' ! xvimagesink sync=false
И еще одна особенность, формат 4к удасться получить только после применения скриптов повышенной производительности jetson, данные моменты оговорены на гитхабе и в документации. А данные скрипты в свою очередь не применятся без кулера подключенного к плате.